وقد إجتمع الصحابة وعلي رأسهم طلحة والزبير بالاضافة الي وفود الاقاليم وقرروا بيعة الامام عليّ إلا أنه نأي عن ذلك وقال لهم : أجعلوني وزيرا بدلا عن أميرا. وبعد إصرارهم - خاصة أن المسلمين ظلوا بلا خليفة مدة خمسة ايام سيطر فيها الثوار علي المدينة - وافق وتمت بيعته. وبعد البيعة بدأ في التحقيق في مقتل عثمان , كما أعلن بأنه سيقوم برد مال المسلمين الذي تم إنفاقه في غير وجهته حتي الذي تزوجوا به النساء او اشتروا به الاماء لبيت المال , كما بدأ بعزل الولاة الفاسدين الذين عينهم عثمان . الا ان عمال عثمان الذين قام بعزلهم فروا الي مكة بعد ان نهبوا ما في حوزتهم من مال المسلمين لان المقيم بمكة يكون اّمنا حتي من الخليفة , فقام والي البصرة عبد الله بن عامر وهو ابن خال عثمان باخذ مافي بيت المال وفرّ به الي مكة. وفعل كذلك ابويعلي بن امية عامل عثمان علي اليمن وكذلك فعل البقية. وجائه وجوه بني امية وهم سعيد بن العاص والوليد بن عقبة ومراوان يعرضون عليه البيعة علي ان يترك لهم الامارة والاموال التي جمعوها في عهد عثمان فغضب ورفض بيعتهم وشروطها. أما معاوية فقد رفض ان يبايع عليا كما رفض ان يتنازل عن حكم الشام.